Desidratação ou secagem- baseia na redução da maior parte da água da constituição de alimentos por evaporação ou sublimação. A redução do teor de água no alimento, torna inactivos os microrganismos, desacelerando as reacções enzimáticas e químicas de alteração. É mas comum o uso da desidratação pois, remove a humidade do alimento com a ajuda de equipamentos que controlam a temperatura, a humidade relativa e a velocidade do ar de secagem e é relativamente um processo mas rapido em relação a secagem.

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Inclusão- Todo o álcool ou acetona deve ser substituído por resina do tipo epóxi em estado líquido, com o objetivo de conferir ao material biológico a consistência adequada para ser cortado em fatias extremamente finas. Completada a infiltração da resina, o material é inserido em determinados moldes e submetido a uma temperatura média de 60º C por um período de dois dias. Este procedimento provoca o enrijecimento da resina e permite-nos obter bloquinhos que podem ser facilmente cortados em fatias muito finas.

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Microtomia (Corte)- O conhecimento de ultra-estrutura celular somente avançou com o desenvolvimento de um aparelho denominado ultramicrótomo, que possibilitou cortes extremamente finos no material biológico com espessura de 1mm (Figura 4). A espessura desses cortes pode ser avaliada pela cor que mostram quando flutuam na superfície da água na cuba da navalha, resultado da interferência entre os raios luminosos refletidos na face superior e inferior do espécime. As cores cinza, prateada, dourada e vermelha correspondem, respectivamente, às seguintes espessuras em milímetros: 60, 60-90, 90-150, 150-190.

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Coloração ou Constratação- A maioria das observações iniciais dos micro-organismos é feita por meio de preparações coradas. Coloração significa simplesmente corar os micro-organismos com um corante que enfatize certas estruturas. Porém, antes que os micro-organismos possam ser corados, devem ser fixados (aderidos) à lâmina do microscópio. A fixação simultaneamente mata os micro-organismos e os fixa na lâmina. Ela também preserva várias partes dos micróbios em seu estado natural com apenas um mínimo de distorção.

Quando uma amostra precisa ser fixada, um filme delgado de material contendo os micro-organismos é espalhado sobre a superfície da lâmina. Esse filme, denominado esfregaço, é deixado secar ao ar. Na maioria dos procedimentos de coloração, a lâmina é então fixada pela passagem, várias vezes, sobre a chama de um bico de Bunsen, com o lado do esfregaço para cima, ou recobrindo a lâmina com álcool metílico por um minuto. A coloração é aplicada e então lavada com água; a seguir, a lâmina é seca com papel absorvente. Sem a fixação, a coloração poderia lavar os micróbios da lâmina. Os micro-organismos corados estão agora prontos para o exame microscópio.

Os corantes são sais compostos por um íon positivo e um íon negativo, um dos quais é colorido e conhecido como cromóforo. A cor dos assim chamados corantes básicos está no íon positivo; em corantes ácidos, está no íon negativo. As bactérias são levemente carregadas negativamente em pH 7. Desse modo, o íon positivo colorido em um corante básico é aderido à célula bacteriana carregada negativamente. Os corantes básicos, que incluem o cristal violeta, o azul de metileno, o verde de malaquita e a safranina, são mais comumente usados que os corantes ácidos.